История школы №40 уходит своими корнями в историю школы №48, которая была открыта 14 июня 1955 года по адресу ул. Герцена, 66. В 1989 году школа закрылась на капитальный ремонт, учеников и учителей приняло новое учебное заведение. После ремонта здание школы №48 было передано Томскому государственному педагогическому университету, и в 2014 году в нём открылась Научная библиотека имени А. М. Волкова.

В 1988 году началось строительство новой школы в микрорайоне «Центральный». Строительные работы вели строительное управление СУ-13, трест «ТомскЖилСтрой». Школа № 40 была введена в эксплуатацию 1 сентября 1989 года по адресу ул. Никитина, 26. Новая школа стала правопреемником школы №48. Первоначально контингент учащихся составил 1478 человек (50 классов – комплектов). Основная масса детей – из школы № 48, остальные – из школы № 4. Набрали шесть 1-х классов и два выпускных класса.

Сегодня МАОУ СОШ №40 является массовой общеобразовательной школой, образовательное пространство которой охватывает детей с 5 - 6 летнего возраста до 18 лет. Это и современные учебные кабинеты, компьютерные классы, библиотека, спортивные залы, стадион, футбольное поле, современный конференц-зал и многое другое. В состав школы входят два структурных подразделения: «Детская школа искусств» и «Дошкольное отделение». Отличительной чертой школы является удовлетворение образовательных потребностей обучающихся в различных направлениях их деятельности, создание благоприятных условий для развития творческого потенциала и проявления творческих способностей.

22 февраля 2018 года состоялось открытие Музея истории школы №40. В его фонд вошли сохранившиеся материалы музея школы №48, фотоматериалы о школе в разные годы ее существования, свидетельства школьной жизни как процесса, атрибуты школьной жизни разного времени и многое другое.